In der Planungsvereinbarung sind neben den Entwicklungszielen und den Grundlagen der Zusammenarbeit auch die verschiedenen Projektphasen festgehalten. Die Planung betrifft bebautes Industriegebiet, das nicht auf einen Schlag von Grund auf neugestaltet wird, sondern sich über einen längeren Zeitraum hinweg Schritt für Schritt verändern wird. Der Planungsprozess wurde in sechs Stufen konzipiert und aufgrund der Erkenntnisse der ersten Projektphase weiterentwickelt. Je nach Projektfortschritt können die Phasen angepasst oder Arbeitsschritte zusammengelegt werden.
| Phase 1 | Planungsverfahren 1 |
| Phase 2 | Planungsverfahren 2 |
| Phase 3a | Planungsrechtliche Massnahmen 1 Einarbeitung in den Stadtteilrichtplans Kleinhüningen-Klybeck; Grundlagenerarbeitung für die Nutzungsplanung inkl. allfälliger Zonenänderung und Bebauungspläne |
| Phase 3b | Teilweiser Beginn der Umsetzung |
| Phase 4 | Planungsverfahren 3 |
| Phase 5 | Planungsrechtliche Massnahmen 2 |
| Phase 6 | Beginn Umsetzung |
Im Mai 2016 unterzeichneten der Kanton Basel-Stadt, die Novartis Pharma AG sowie die BASF die Planungsvereinbarung für die Entwicklung «klybeckplus». In der zweiten Jahreshälfte 2016 begann als erster Schritt der gemeinsamen Entwicklung eine städtebauliche Testplanung, um das Potenzial des Gesamtareals auszuloten.
Den Abschluss der Phase 1 bildete der Synthesebericht klybeckplus vom 20. November 2018. Der Synthesebericht, der seit Januar 2019 öffentlich ist, rekapituliert die erste Projektphase, präsentiert und kommentiert die Ergebnisse der Testplanung sowie der Beteiligung und stellt die daraus resultierenden Erkenntnisse für die weitere Entwicklung vor.
Im Mai 2019 gab Novartis den Verkauf ihrer Arealteile an die Rhystadt AG bekannt; der Verkauf der BASF-Arealteile an die Swiss Life erfolgte im Juli 2019. Sowohl die Rhystadt AG als auch die Swiss Life sind bei Kauf der Grundstücke der Novartis AG bzw. der BASF in die Planungsvereinbarung eingetreten.
Die im Sommer 2020 vorgestellte Vision klybeckplus verdeutlicht die gemeinsamen Vorstellungen und Ziele der Planungspartner und dient als übergeordnete Navigations- und Entscheidungshilfe für die Phase 2, in der das «Städtebaulichen Leitbild klybeckplus» entwickelt wurde. Derzeit werden der städtebauliche Vertrag sowie ein «Quartierentwicklungskonzept» erarbeitet.
